Il est très courant que le poisson de pêche soit parasité par des larves nématodes de la famille des Anisakidae. La prévention de l'anisakidose passe par des mesures simples avant la consommation des produits: la congélation ou la cuisson suffisent à tuer ces larves et à les rendre inoffensives.

La pisciculture marine concerne surtout les espèces à haute valeur commerciale et pour quelques espèces, l’élevage a déjà quasiment remplacé la pêche. Pour les autres, il faudra attendre les résultats des études actuellement menées dans le domaine de l'alimentation aquacole.

Selon les agences de sécurité alimentaire qui ont pour mission l’évaluation des risques chimiques des produits marins, les poissons mis sur le marché présentent globalement des niveaux de contamination bien inférieurs aux concentrations maximales admissibles fixées par la réglementation.

L'amélioration de la sélectivité des chaluts a ses limites. Il est nécessaire de la compléter par des fermeture de zones durant des périodes limitées et d'envisager l'amélioration d'autres techniques existantes afin que celles-ci soient à la fois économiquement rentables et très sélectives.

Il faut d'abord "mieux connaître les espèces profondes afin de mieux les gérer", c'est une première réponse apportée par les responsables de la gestion des pêches.

La pêche sur les frayères en périodes de reproduction, lorsque les géniteurs se regroupent, ne peut s’envisager qu’avec la garantie de maintenir un niveau suffisant de reproducteurs ainsi qu’un niveau minimal de diversité génétique. Elle ne peut donc se concevoir sans un encadrement strict.

On est souvent tenté d’invoquer une prolifération que l’on attribue à la pollution. Si cette dernière n’est pas à exclure, il convient cependant d’être prudent. Les blooms de méduses sont souvent un phénomène naturel, se produisant chaque année, voire plusieurs fois par an.